El museo contiene una muestra múltiple sobre Morfología y Anatomía Comparadas de los Vertebrados. Concebido originalmente como material de apoyo para las prácticas de varias asignaturas, la continua incorporación de ejemplares a lo largo de varias décadas ha propiciado que, en la actualidad sea uno de los más importantes de entre las universidades europeas.
Este patrimonio de la Complutense dirigido a los alumnos de diversas facultades (Biología, Veterinaria y Medicina) cumple también una función social, educativa y cultural (público en general y alumnos de enseñanzas medias).
La Colección de Entomología de la Universidad Complutense está formada por más de cuatro millones de ejemplares. Aproximadamente la mitad están conservados en seco en cajas especiales, preparadas para evitar la invasión de plagas. La otra mitad de los ejemplares se conserva en alcohol glicerinado de 70º, o alcohol de 100º cuando se prevé su uso en estudios moleculares. Parte de estas muestras se guardan en congeladores, en las que la evaporación es menor y el riesgo de ataque biológico casi nulo.
El Museo conserva también una amplia colección de preparaciones microscópicas, destinada a conservar tanto Artrópodos de pequeño tamaño, como genitalias u otras partes significativas de la anatomía..
El Herbario de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Complutense de Madrid (MACB) tiene encomendada la misión de cuidar y conservar las colecciones que deben servir para la investigación y estudio de los vegetales.
Actualmente su acrónimo es MACB (desde 1987) según recoge en el Index Herbarium (8ª edición) y consta de c. 130.000 ejemplares.
La colección etnobotánica de la Universidad Complutense es muy joven de origen; fue iniciada en la década de 1990, con el doble objetivo de recuperar un legado de conocimiento popular y de reunir un conjunto de materiales que pudieran ser utilizados en la docencia de esta disciplina. Pese a su juventud la colección cuenta ya con más de 500 piezas que han sido mostradas en diversas exposiciones públicas.
La colección está organizada, en función del uso dado al vegetal, en ocho grandes grupos: alimentación, cestería, medicinales, tintóreas, utensilios de madera, textiles, cosméticas y usos culturales.